Smallville berättar historien om Clark Kent som tonåring, innan han blev känd som Stålmannen (Superman). Det är i staden som han kom ifrån, där mycket underliga saker började att inträffa med hans ankomst i ett rymdskepp, mitt under en meteorstorm bestående av gröna stenar.

Clark blir tvungen att ha att göra med en blandning av individer, som fått krafter av dessa gröna stenar, samtidigt som han måste hålla sina egna krafter hemliga, och klara av sin vänskap med en ung Lex Luthor, och hålla en jämvikt mellan dom två flickorna Chloe och Lana i hans liv.

Serien visar även hur Lex Luthor utvecklas från att vara en vän till Clark och en hygglig snubbe, till den brottsling som kommer att plåga Stålmannen senare i livet.